První zmínka o obci z roku 1275 je spojena se jménem vladyky Dalibora z Polkovic. Od roku 1365 se polovina obce dostala do majetku olomoucké kapituly. Přesně po sto letech postoupil král Jiří z Poděbrad obec spolu s řadou jiných obcí svému věrnému stoupenci, panu Ctiborovi Tovačovskému z Cimburka. Po čase se však olomoucká kapitula opět ujala správy celého panství.
V době pobělohorské byl v Polkovicích postaven nevelký zámek. Přilehlé hospodářské objekty byly postaveny za Viléma Vojtěcha, hraběte Libštejnského z Kolovrat, jehož osobní erb je dodnes součástí zámeckého portálu a o čemž svědčí dvě pískovcové desky s latinským nápisem v průjezdě do hospodářských budov. Zámek je v současné době v majetku obce. Počátkem 17. století bylo v Polkovicích 52 domů.
Za třicetileté války několik domů zpustlo, avšak již v roce 1793 bylo v Polkovicích 68 domů a žilo zde 475 obyvatel a postupně přibývalo jak domů, tak i obyvatel až do roku 1921, kdy žilo v obci historicky nejvíce obyvatel, a to 716.
Farou, hřbitovem a matrikou náležela obec až do roku 1909 do Klenovic, v obci byla v té době jen zvonice. Obecní zastupitelstvo se tenkrát zasadilo o stavbu nového kostela , fary a také hřbitova a tak se stal dominantou obce kostel sv. Bartoloměje: stavba je v novo-gotickém slohu a pochází z let 1908 až 1909. Z kostela byly po dvakráte, vždy v době světových válek odstraněny zvony pro válečné účely. Po druhé světové válce byl pro kostel zapůjčen zvon ze sousedních Uhřičic. V roce 1998 uspořádali polkovští občané sbírku, která vynesla celkem Kč 84.570,-Kč a s přispěním správce farnosti byly pořízeny dva nové zvony ve zvonařské dílně Dytrychů v Brodku u Přerova o hmotnosti 155 kg a 90 kg. Montáž s vysvěcením zvonů byla uspořádána na polkovské hody - 30. srpna 1998, za velké účasti veřejnosti.
Škola bývala v obci již v 15. století, ale pravidelné vyučování začalo až v roce 1815. Učilo se původně v chaloupce č.p.38 na "Mrlínku" a od roku 1865 na nynějším místě. Býval zde tzv. "průhon" u kapitulního dvora. Teprve v roce 1865 zde byla obcí postavena školní budova, která byla v roce 1894 přístavbou rozšířena na dvojtřídku. Prvním známým učitelem byl v letech 1810 - 1812 Hyacint Opletal. Za učitele Tomáše Žily vznikla u školy zahradnická školka, která ve své době vzbuzovala obdiv v celém okolí.